Chính quyền Thiên hoàng Minh Trị được thiết lập

Năm 1866, nạn mất mùa và đói kém gây nên cuộc khủng hoảng lớn. Thị dân nổi dậy đòi lúa gạo ngay trong các thành thị như Edo, Osaka,..Nông dân có các phong trào phản phong, đòi giải phóng khỏi sự ràng buộc đất đai.
Năm 1865, thế lực ở Choshu mạnh lên và liên kết với công quốc Satsuma để chống lại Shogun và thành lập chính phủ mới.
Ngày 9/11/1867, Shogun Keiki đã xin trao trả quyền cho Thiên hoàng Mitsuhito chỉ vừa lên ngôi lúc mới 15 tuổi.

Chân dung Thiên hoàng Minh Trị

Ngày 3/1/1868, Thiên hoàng ra lệnh phế truất Shogun và thành lập chính phủ mới. Các lực lượng quân sự của Satsuma và Choshu được giao phó bảo vệ chính phủ hoàng triều. Dòng họ Shogun vẫn được lãnh tước hiệu quý tộc cao nhất.
Một chính quyền mới do Thiên hoàng đứng đầu thành lập tuyên bố sẽ lập nên một nghị viện có khả năng phản ánh ý kiến rộng rãi của quần chúng nhân dân. Đẳng cấp quý tộc tư sản hóa (Samurai) là lực lượng chủ yếu trong chính quyền mới mong muốn canh tân đất nước.